Türkiye’nin Güneydoğu Anadolu Bölgesi Yabani Asma (Vitis vinifera ssp. silvestris) ve Kültür Asması (Vitis vinifera ssp. sativa) Genotipleri Arasında Genetik Akrabalık İlişkilerinin Belirlenmesi

Dilek Değirmenci Karataş

Özet


Özet

 

Ülkemizin Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde yabani asma gen kaynağı varlığı hakkında bilgi günümüze kadar yayınlanmamıştır. Bu çalışmada Güneydoğu Anadolu Bölgesi yabani asma ve kültür asması gen kaynakları arasındaki ilişki SSR moleküler markörler aracılığı ile karakterizasyonu yapılmıştır. Bu amaçla, 21 yabani asma gen kaynağı (Vitis vinifera ssp. silvestris) ve 13 tane kültür asması (Vitis vinifera ssp. sativa) genotipleri üzerinde, 22 nükleer ve 3 kloroplast  mikrosatelit lokusu analizi yapılmıştır. SSR lokusları için allel sayısı 4 (VVIn16)  ile 20 (VVIv67) arasında olmuştur. Çalışılan lokuslarda beklenen heterozigot oranı  0.586 (lokus VVIb01) ile 0.876 (lokus VVS2) arasında değişmiştir. Üzerinde çalışılan genotiplerde ayrıca 3 tane  kloroplast cpSSR markörler analiz edilmiştir. Kloroplast SSR markörler için allel büyüklükleri sırasıyla; cpSSR3 (106 ve 107 bp), cpSSR5 (104 ve 105 bp), ve cpSSR10 (114, 115, ve 116 bp) şeklinde olmuştur. Yabani asma genotipleri için 7 allel, 3 haplotip (B,C ve D) altında gruplanmıştır. Mikrosatelit analiz sonuçlarında göre, dendogram yabani ve kültür asmalarının genetik olarak benzer olmadıklarını göstermiştir.

 

Anahtar kelimeler: Vitis vinifera spp sativa, Vitis vinifera spp silvestris, gen kaynakları, nükleer ve kloroplast SSR markörler


Anahtar Kelimeler


Vitis vinifera spp sativa, Vitis vinifera spp silvestris, gen kaynakları, nükleer ve kloroplast SSR markörler

Referanslar


Kaynaklar

Adam-Blondon, A.F., Roux, C., Claux, D., Butterling G, Merdinoglu D, This, P., 2004. Mapping 245 SSR markers on the Vitis vinifera genome: a tool for grape genetics. Theor. Appl. Genet., 109: 1017–1027.

Ağaoğlu, Y.S., Söylemezoğlu, G., Calişkan, M., Ergül, A., Türkben, C., 1998. Identification of some native and foreign grape varieties using isozyme banding patterns by polyacryl-amide gel electrophoresis. Proceedings of the 4th Vitic Symposium, October 20-23, 1998, Yalova, Turkey, pp: 145-151.

Arroyo-Garcia, R., Ruiz-Garcia, L., Bolling, L. ve ark. 2006. Multiple origins of cultivated grapevine (Vitis vinifera L. ssp. sativa) based on chloroplast DNA polymorphisms. Mol. Ecol. 15: 3707–3714.

Bodor, P., Höhn, M., Pedryc, A., Deák, T., Dücső, I., Uzun, I., Cseke, K., Böhm, É. I., Bisztray, G.D., 2010. Conservation value of the native Hungarian wild grape (Vitis silvestris Gmel.) evaluated by microsatellite markers. Vitis 49,1 : 23–27.

Bowers J, Boursiquot JM, This P (1999) Historical genetics: The parentage of Chardonnay, Gamay, and other wine grapes of north-eastern France. Science, 285: 1562–1565.

Bowers J, Dangl GS, Vignani R (1996) Isolation and characterization of new polymorphic simple sequence repeat loci in grape (Vitis vinifera L.). Genome, 39: 628–633.

Doligez A, Adam-Blondon AF, Cipriani G (2006) An integrated SSR map of grapevine based on five mapping populations. Theor. Appl. Genet., 113: 369–382

Forneck A, Walker M, Schreiber A, Blaich R, Schumann F (2003) Genetic diversity in Vitis vinifera ssp silvestris gmelin from Europe, The middle east and North Africa. Acta Hort. (ISHS) 603: 549-552.

García Muñoz S, Lacombe T, Teresa de André, M, Gaforio L, Muñoz-Organero G, Laucou-V, This P, Cabello F (2011) Grape varieties (Vitis vinifera L.) from the Balearic Islands: genetic characterization and relationship with Iberian Peninsula and Mediterraean Basin. Genet. Res. Crop Evol, 59: 589-605.

Hauptmann H (1997) Nevali cori. Oxford Encyclopedia Archaeol. Near East, 4: 131-134.

Karataş H, Değirmenci D, Velasco R, Vezzulli S, Bodur Ç, Ağaoğlu YS (2007) Microsatellite fingerprinting of homonymous grapevine (Vitis vinifera L.) varieties in neighboring regions of South-East Turkey. Scientia Horticulturae, 114(3), 164-169.

Lacombe T, Boursiquot J-M, Laucou V, Dechesne F, Didier V, This P (2007) Relationships and genetic diversity within the accessions related to Malvasia held in the Domaine de Vassal grape germplasm repository. Am. J. Enol. Viticult, 58: 124–131.

Laucou, V., Lacombe, T., Dechesne, F., Siret, R., Bruno, J.P., Dessup, M., Dessup, T., Ortigosa, P., Para, P., Roux-C., Santoni, S., Vares, D., Peros, J-P., Boursiquot, J-M., This, P., 2011. High throughput analysis of grape genetic diversity as a tool for germplasm collection management. Theor. Appl. Genet. 122 :1233-1245.

Mc Govern, P.E. 2003. Ancient wine: the search of the origin of the Viniculture. Princeton University Pres, New Jersey.

Merdinoglu, D., Butterlin, G., Bevilacqua, L., Chiquet, V., Adam-Blandon, A.F., Decroocq, S., 2005. Development and characterization of a large set of microsatellite markers in grapevine (Vitis vinifera L.) suitable for multiplex PCR. Mol. Breed., 15: 349–366.

Minch, E., Ruiz-Linares, A., Goldstein, D.B., Feldman, M., ve ark. 1995. Microsat (Version 1.4d): a Computer Program for Calculating Various Statistics on Microsatellite Allele Data. Stanford University Medical Center, Stanford.

Paetkau, D., Calvert, W., Stirling, I and Strobeck, C., 1995. Microsatellite analysis of population structure in Canadian polar bears. Mol. Ecol. 4: 347-354.

Pasternak, R., 1998. Investigations of Botanical Remains from Nevali cori PPNB, Turkey. In: The Origins of Agriculture and Crop Domestication, Damania, A., J. Valkoun, G. Willcox and C. Qualset (Eds.). ICARDA., Syria, pp: 170-77.

Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Mc Nicol, J.W., Machray, G.C., Doyle, J.J., Tingey, S.V., Rafalski, J.A. (1995) Hypervariable microsatellites provide a general source of polymorphic DNA markers for the chloroplast genome. Curr. Biol., 3: 1023–1029.

This P, Lacombe T, Thomas MR (2006) Historical origins and genetic diversity of wine grapes. Trend in Genetics. 22:9, 511-519.

Thomas MR, Cain P, Scott NS (1994) DNA typing of grapevine: a universal methodology and database for describing cultivars and evaluating genetic relatedness. Plant Mol. Biol., 25: 939–949.

Thomas MR, Scott NS (1993) Microsatellite repeats in grapevine reveal DNA polymorphisms when analyzed as Sequence-Taged Sites (Stss). Theor. Appl. Genet., 86: 985–990.

Uzun HI, Bayır A (2010) Distribution of Wild and Cultivated Grapes in Turkey. Notulae Scientia Biologicae 2 (4) 2010, 83-87.

Wagner HW, Sefc KM (1999) Identity1.0. Centre for Applied Genetics. University of Agricultural Science, Vienna.


Refback'ler

  • Şu halde refbacks yoktur.